Sebagai lembaga pendidikan swasta, YXP mempunyai hak dan wewenang dalam menerima, menempatkan, mengembangkan, menghargai, memindahkan, dan menyatakan purna bakti bagi Pegawai YXP sesuai peraturan yang berlaku di YXP .
Jauh sebelum sekolah-sekolah Xaverius didirikan, di Tanjung Sakti sudah dirintis pendirian sekolah-sekolah oleh para pastor misionaris:
(1) Tanggal 1 September 1888 didirikan sekolah di Desa Pajar Bulan dengan nama RK Standaarschool oleh Pastor P.N van Meurs, SJ;
(2) Tanggal 6 Desember 1915 didirikan sekolah di Desa Benteng oleh Pastor Donatianus Verhoeven, OFM Cap. dan Sigebertus Dubber, OFM Cap.;
(3) Tanggal 23 Oktober 1916 didirikan sekolah di Desa Jokobelut oleh Pastor Donatianus Verhoeven, OFM Cap. dan Sigebertus Dubber, OFM Cap.
Pada tahun 1923 ketiga sekolah tersebut dikelola oleh para Suster Belas Kasihan dan pada tahun 1930 dilanjutkan oleh para Suster Hati Kudus bersama Pastor Paroki Tanjung Sakti, Pastor Hendricus Norbertus van Oort, SCJ. Pastor Hendricus Norbertus van Oort, SCJ dan Pastor Johannes Alphonsus van der Sangen, SCJ mendirikan YXP dengan Akta No. 11 tanggal 5 Mei 1930 dihadapan Christian Maathuis, Notaris di Palembang, dengan maksud untuk melembagakan sekolah- sekolah yang telah didirikan agar visi awal mewartakan Kabar Gembira melalui bidang pendidikan terus terpelihara. Karya pendidikan ini diteruskan oleh para imam dari Imam-Imam Hati Kudus Yesus (SCJ) yaitu Johanes Alphonsus van der Sangen, SCJ., Pastor H.M Mekkelholt, SCJ (1934); Pastor Wilhelmus Lorentius Cornelis Boeren, SCJ (1948 – 1965); Pastor Hendricus G.M. Hermelink, SCJ., Pastor JJM. Goeman, SCJ (1965); Pastor Lucianus Walczak, SCJ, Pastor Thodorus Borst, SCJ; Pastor M.J. Weusten, SCJ., Mgr. J.H Soudant, SCJ., Frater Monfort, BHK, Pastor Herbert Henslok, SCJ, dan Mgr. Aloysius Sudarso, SCJ. Mereka membuat sekolah-sekolah Xaverius terus eksis hingga sekarang. Sejak awal, Serikat Jesuit (SJ), Tarekat Imam-Imam Fransiskan Capusin (OFM Cap) dan Tarekat Imam-Imam Hati Kudus Yesus (SCJ) bertanggung jawab dalam menanamkan dan mewariskan nilai-nilai luhur dalam mencerdaskan kehidupan bangsa. Nilai-nilai luhur ini menjadi roh pendidikan bagi setiap pribadi yang terlibat dalam penyelenggaraan, pengelolaan, dan pelaksanaan pendidikan di YXP.
YXP terus ada karena perjuangan orang-orang yang menyelenggarakan kepemimpinan dari awal berdirinya, yakni Para Ketua Pengurus YXP:
Xaverius adalah nama Lembaga Pendidikan Katolik, Yayasan Pendidikan milik Keuskupan Agung Palembang, yang menyelenggarakan pendidikan dasar dan menengah, yang berlindung pada St. Fransiskus Xaverius. Xaverius adalah seorang misionaris yang menanamkan nilai-nilai kristiani di Asia, termasuk di Indonesia, yakni iman keyakinan akan Tuhan, ilmu pengetahuan, menjunjung tinggi kemanusiaan, dan bermental baja dalam merealisasikan nilai-nilai kristiani tersebut. Tujuannya, agar anak-anak di Asia mengalami kemajuan secara wajar, seimbang dan merdeka dari kebodohan, kemiskinan dan penderitaan dengan mencapai keutuhan, kesempurnaan dan kebahagiaan pribadinya sehingga dapat mempersembahkan diri bagi kemajuan dan kebaikan masyarakat dan bangsa.
Moto YXP adalah IN OMNIBUS OPTIMUM, Artinya, TERBAIK DALAM SEGALANYA. Moto ini memiliki makna bahwa dalam menyelenggarakan, mengelola, dan melaksanakan pendidikan di Sekolah Xaverius, fokus utama yang diperjuangkan adalah memberi pelayanan terbaik untuk mewujudkan hasil pendidikan yang maksimal dalam mencerdaskan kehidupan bangsa.